当驾驶证在东莞被扣12分时，您需要按照以下步骤处理：

确认扣分情况

查询具体的扣分记录和违章详情。

参加交通安全教育

到驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期7天的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。

重新参加驾驶证考试

学习结束后，参加科目一的理论考试。

考试合格后，记分将被清除，并可以领回驾驶证。

如果考试不合格，需要重新参加学习和考试。

缴纳罚款

根据违章情况缴纳相应的罚款。

注意驾驶证有效期

及时办理换证手续，避免驾驶证过期。

遵守交通规则

提高安全驾驶意识，避免再次违章。

请确保在规定的时间内完成上述步骤，否则可能会面临额外的处罚。