建房补助通常由住房和城乡建设部门负责管理。具体来说：

1. 农村建房补助归中华人民共和国住房和城乡建设部管，负责住房保障政策的拟订与实施，以及规范村镇建设等。

2. 审核程序遵循公开、公平、公正原则，涉及农户自愿申请、村民会议或村民代表会议评议、乡（镇）审核、县级审批等环节。

3. 补助对象和补助标准需公示，确保透明。

4. 特殊情况如困难户、迁村腾地户、新农村建设户和危房改造户建房，可能由不同的部门如民政部门、国土资源部门或新农村建设办公室提供补贴。

5. 房屋补贴和拆迁的管理权归市、县级人民政府确定的房屋征收部门，同时国务院和省、自治区、直辖市人民政府的相关部门应加强指导。

6. 农村建房申请需经村民小组会议讨论通过，并由乡镇政府处理。