当您发现公司扣除了过多的个人所得税时，您可以采取以下步骤来解决问题：
首先，尝试与公司沟通，要求公司解释扣税的具体原因和依据的规章制度。
如果公司无法提供合理解释或相关规章制度未经公示，您可以要求公司全额返还多扣的税款，并考虑追讨利息损失。
如果协商无果，您可以向当地劳动监察大队投诉，请求他们介入调查并协助解决问题。
如果劳动监察部门的介入仍未解决问题，您可以向当地劳动仲裁机构申请仲裁。
若劳动仲裁裁决生效后公司拒绝执行，您可以向人民法院申请强制执行，确保您的合法权益得到最终保障。
您还可以向税务机关申请退税。具体流程包括向基层分局提交申请、填写退税申请审批表并提供相关退税资料。
在整个过程中，确保收集和保留所有相关的证据，如工资单、税单等，以便在需要时提供给税务机关或法院。
请根据您的具体情况选择合适的步骤。
