工程审计主要审查以下内容：

基建环节的管理合规合法性：

检查工程建设各基建环节的管理是否符合相关法律法规的规定，例如审批流程、招投标工作等是否合规合法。

建设成本的真实性和相关规定的贯彻执行情况：

审计建设成本是否真实，相关费用是否按规定及时缴纳，减、缓、免手续是否完备，是否符合有关规定。

工程项目的分包和转包环节：

审查工程项目的分包和转包是否符合规定，是否存在违规行为。

施工单位的合同完成情况和施工质量：

对施工单位的合同完成情况进行审查，并审查工程施工质量与安全设施，确保施工质量和安全。

审批文件和相关手续的完整性：

审计建设项目的审批文件是否齐全，包括项目建议书、可行性研究报告、环境影响评估报告、概算批复、建设用地批准、建设规划及施工许可、环保及消防批准、项目设计及设计图审核等文件。

项目法人质量控制、监理工作和施工单位选择：

审计项目法人质量控制是否通过资质审查，监理单位是否有相应资格等级证书，施工单位是否有承揽相应施工任务的资质，以及是否按规定选择了勘测、设计、施工、监理单位并实行合同管理。

建设资金的使用情况：

审计建设资金是否落实到位，是否合理、专户存储，能否满足项目建设当年应完成工作量的需要。

工程竣工决算资料：

审查决算资料的完整性、竣工财务决算报表和说明书的真实性及各项建设投资支出的真实性和合规性。

其他相关资料：

包括施工图纸、工程合同、补充协议和变更协议、隐蔽工程签证、施工企业营业执照、招投标资料、工程施工许可证等。

建议在进行工程审计时，应全面细致地审查上述内容，确保工程项目的合规性和真实性，防止不规范行为的发生。