工程竣工备案应当 向工程所在地的县级以上地方人民政府建设主管部门进行办理。具体来说，国务院住房和城乡建设主管部门负责全国房屋建筑和市政基础设施工程的竣工验收备案管理工作，而县级以上地方人民政府建设主管部门则负责本行政区域内工程的竣工验收备案管理工作。

在实际操作中，建设单位应当在工程竣工验收合格之日起15日内，依照相关规定，向工程所在地的县级以上地方人民政府建设主管部门提交备案申请，并附上必要的文件，如竣工验收报告和规划、公安消防、环保等部门出具的认可文件或准许使用文件。

因此，无论是大型还是小型工程，工程竣工备案都应当遵循这一程序，确保工程质量和安全得到有效监管。