当业主在小区内违章搭建时，物业管理公司应当采取以下措施处理：

及时制止：

物业应立即制止违章搭建行为，并向业主发出整改通知。

报告相关部门：

物业应向有关行政管理部门报告违章搭建情况，并向城乡规划部门举报。

拆除违建：

在相关部门介入后，若业主拒不拆除违建，可以申请强制拆除。

法律诉讼：

若违建严重影响小区环境和安全，或侵害其他业主权益，物业可以向法院提起诉讼，追究业主法律责任。

费用承担：

物业可能需要承担拆除违建或其他处理措施的相关费用，如拆除费、罚款等。

法律依据包括《物业管理条例》和《城乡规划法》，这些法规规定了物业和相关部门在处理违章搭建时应采取的措施和业主的权利与义务。