公司注销厂房时，需要按照以下步骤处理：

提交注销申请

向工商部门提交注销申请，并提交相关文件。

清算公司财产

成立清算组，对公司财产进行清理。

清算公司财产，包括土地使用权和厂房。

处理债权债务

清偿公司所欠税款和债务。

清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应制定清算方案。

房产转移登记

办理土地使用权和房产证的注销手续。

根据清算结果，处理剩余财产，包括房产的转移登记。

环保注销手续

向环保部门申报环境影响评价，办理环保注销手续。

遵守法律法规

确保所有手续齐全，遵守相关法律法规。

分配剩余财产

在清偿所有债务和费用后，如有剩余财产，按照股东的出资比例或股份比例分配给股东。

注销公司登记

清算结束后，制作清算报告，报股东会、股东大会或人民法院确认，并报送公司登记机关申请注销公司登记。

在整个注销过程中，应确保所有步骤合法合规，并优先处理债务问题。