国企员工超生的处理方式如下：

征收社会抚养费

超生人员需要按照违法生育的规定向当地计生部门缴纳社会抚养费。

单位处分

国家机关和事业单位、国有企业、国有控股企业、乡镇集体企业对其超生职工应当给予开除处分或者解除聘用合同。

其他人员还应当由其所在单位或者组织给予纪律处分。

党纪处分

如果超生的员工是党员，还需要接受党的纪律处分，如警告、严重警告、撤职、留党察看、开除党籍等。

合同处罚

如果单位有其他合同约定的，超生员工还需按照合同约定进行处罚。

其他影响

超生人员在处理决定之日起五年内，国家机关和事业单位、国有企业、国有控股企业、乡镇集体企业不予招工、录（聘）用。

综上所述，国企员工超生的处理方式包括缴纳社会抚养费、单位处分、党纪处分、合同处罚以及其他可能的职业限制。建议超生员工积极配合相关处理，以减轻可能产生的不利后果。