海关增值税的抵扣流程通常包括以下几个步骤：

备案登记：

在签订进口货物合同后的5日内，到当地税务局进行备案登记（某些区域可能不需要登记）。

获取海关增值税票：

取得海关进口增值税票，该票据既是发票联也是抵扣联。如果单位没有进出口权，可委托报关公司办理，票据上应显示公司名称和报关公司名称。

录入纳税报表：

在征期录入纳税报表时，在申报系统中填写海关增值税抵扣表，并按照要求填列相关信息。

抵扣期限：

抵扣的期限通常为自开票之日起180天内有效，但货款必须已经支付。增值税票上的合同号应与签订的进口货物合同编号一致。

计算抵扣金额：

增值税额就是可以抵扣的金额，这个价格通常已包含关税、消费税、运费和保险费，是完税价格。

提交抵扣申请：

根据最新的规定，从2017年7月1日开始，申请期限是360天，即根据缴款书上的时间，360天内要提交抵扣申请，逾期则不能抵扣。

税务局审核：

税务局会根据提交的申请和清单进行审核和比对，数据正确后会下达增值税的抵扣凭证。

抵扣增值税：

公司凭税务局下达的增值税抵扣凭证进行增值税的抵扣。

请注意，以上流程和规定可能会随着时间和政策的变化而有所调整，建议在进行抵扣操作前咨询当地税务局或专业税务顾问以获取最新信息