分包抵扣开票的流程如下：
分包人根据分包营业额在工程所在地申报纳税。
当地税务机关开具分包发票给分包人。
总包人准备分包合同、分包发票等资料。
总包人根据总包取得的全部价款和价外费用，扣除支付给其他单位的分包款后的余额申报纳税。
经税务机关审核批准后，总包人可以开具总包发票。
个人分包人：只能到当地税务部门开具增值税专用发票，总包只能抵扣3%。
小规模纳税人分包人：向总包只能开具建筑业增值普通发票，总包不可以抵扣进项税。
一般纳税人分包人：向总包开具建筑业增值专用发票，总包可以抵扣进项税。
被挂靠的一般纳税人分包人：总包应向被挂靠方支付工程结算款并向挂靠方索取建筑业增值专用发票。
分包收取总包人的违约金时，必须向总包人开具增值税专用发票，总包人可以抵扣进项税金。
总包收取分包人的违约金，则向分包人开具零税率的增值税普通发票。
总包从支付给分包人的工程结算款中扣下分包人应承担的罚款，则向分包人开具零税率的增值税普通发票。
分包人向总承包人收取分包工程款时，要到当地税务机关开具发票并完税。
总包人向兴建单位收取全额工程款时，凭分包人开出的发票作为分包工程已完税的依据进行抵减，余额征税。
