代理申报的费用通常应计入管理费用科目。具体会计分录如下：
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借：管理费用——税务代理费/代理记账费/专利申请服务费/报关费等
贷：银行存款/库存现金
管理费用科目涵盖了企业行政管理部门为组织和管理生产经营活动而发生的各项费用，包括税务申报代理费、财务代理费、专利申请代理费等。
