房屋二次抵押进行公证的目的主要包括：

增加法律效力：

公证可以增强抵押合同等法律文件的法律效力，使其在发生纠纷时更容易被法院或仲裁机构采信。

预防纠纷：

公证机构在办理过程中会对合同条款进行严格审查，确保合同内容合法、完整，条款明确具体，有助于及时发现并解决潜在问题。

简化法律程序：

经过公证的抵押文件在法律层面上为交易双方提供了更多保障，可能简化后续的法律程序，加快办理进度。

需要注意的是，正常情况下，二次抵押需要在房产局做登记，且对于抵押情况已有明确记载，因此在某些情况下可能不需要再进行公证。是否进行公证取决于借贷双方的意愿以及法律规定