新车在第二年进行年检的流程如下：

准备材料

身份证原件及复印件

行驶证

机动车交通事故责任强制保险凭证（交强险）

车船税纳税或者免税证明

选择办理方式

线下办理：直接到当地车管所或交警部门办理年检标志。需要携带上述材料，并按照流程提交资料、缴纳相关费用（如果有违章需要先处理）。

线上办理：可以通过手机“交管12123”APP申领检验标志。登录后点击“免检车申领检验标志”，按照提示填写申请内容并选择邮寄地址，提交审核通过后，交管部门将邮寄送达免检标志。

注意事项

-新车在6年以内免上线检测，但每两年需要申领一次检验合格标志。

-如果有违规行为，需要先处理违章信息，才能进行年检。

-非免检车辆在第二年时需要参加上线检测，包括灯光、轮胎、尾气等方面的检查。

建议选择线上办理方式，可以节省时间并减少到车管所的次数。如果选择线下办理，建议提前咨询当地车管所的上班时间及业务范围，以确保流程顺利进行。