合作合同纠纷的起诉流程如下：
撰写起诉状，详细列出原被告双方的基本信息、诉讼请求、事实和理由。
准备证据原件及复印件，包括合同文本、交易记录、通信记录等。
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，合同纠纷通常由被告住所地或合同履行地的人民法院管辖。
如果合同中有有效的管辖法院约定条款，则以合同中约定的法院为管辖法院。
将起诉状及其副本、证据材料提交给有管辖权的人民法院立案庭。
提交的材料应包括民事起诉状、原被告身份证明、证据清单等。
人民法院在收到起诉材料后，会在七日内决定是否受理立案。
如果符合起诉条件，法院会立案并通知当事人；如果不符合起诉条件，法院会作出不予受理的裁定。
根据法院的通知准时出席庭审，并准备在庭审中陈述事实、提供证据。
如果需要，可以聘请律师代理诉讼，律师会协助准备材料、出庭辩护等。
如果对一审判决或裁定不服，应在接到判决书后15天内或接到裁定书后10天内向上一级人民法院提起上诉，并递交上诉状。
如果法院判决支持原告的诉讼请求，被告未在判决确定的期限内履行义务，原告可以申请法院强制执行。
建议在整个起诉过程中，当事人应充分准备证据，选择合适的管辖法院，并在必要时聘请专业律师提供法律帮助，以确保自身权益得到最大程度的保护。
