当宠物狗在宠物店丢失时，赔偿责任主要依据以下几点：
若宠物店与主人之前已签订相关协议，包括宠物犬在店内因病死亡或丢失等情况的赔偿规定，则应按照协议内容进行赔偿。
若没有相关协议，双方可以根据实际情况进行协商。赔偿金额通常包括宠物狗的市场价值、医疗费用、寻找狗狗的费用以及主人精神上的损失等。
根据《民法典》第八百九十三条，寄存人交付的保管物有瑕疵或者根据保管物的性质需要采取特殊保管措施的，寄存人应当将有关情况告知保管人。若寄存人未告知，致使保管物受损失的，保管人不承担赔偿责任；保管人因此受损失的，除保管人知道或者应当知道且未采取补救措施外，寄存人应当承担赔偿责任。
鉴于宠物犬与其主人之间具有深厚的情感纽带，双方可以协商在扣除宠物犬原价值后，额外支付一定金额作为精神损害抚慰金，以弥补宠物犬长时间陪伴所带来的沉痛损失和心灵创伤。
若双方无法通过协商达成一致，可以选择通过法院起诉，由法官根据实际损失进行判决。
建议
建议宠物店和主人首先尝试友好协商，明确赔偿金额和方式。如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决，以减少纠纷和损失。同时，宠物店应从中吸取教训，完善保管措施，避免类似事件再次发生。
