国家鼓励的运输方式包括：

封闭式运输：

根据《中华人民共和国道路运输条例》和《道路货物运输及站场管理规定》，国家鼓励货运经营者实行封闭式运输，以保证环境卫生和货物运输安全。

集约化、网络化经营：

鼓励采用集装箱、封闭厢式车和多轴重型车运输，以实现道路货物运输的集约化和网络化。

新能源车辆运输：

在特定领域如煤炭和新能源商品汽车运输中，鼓励使用封闭式皮带廊道、管道、管状带式输送机和电动、氢能等新能源车辆进行短距离运输。

“公转铁”、“公转水”：

鼓励从矿区源头开展“散改集”，提高煤炭主产区中长距离煤炭铁路运输比例，打造以铁路、水路为骨干的多式联运体系。

集装箱运输：

推动大力发展铁路集装箱运输，鼓励发展铁路双层集装箱、危险品专用集装箱等，实现多式联运的便利化和高效化。

这些措施旨在提高运输效率、保护环境、促进绿色低碳发展，并支持新能源产业的发展。